Amref Deutschland e.V. unterliegt strengen Kontrollen. Seit 1992 trägt die Organisation durchgehend das DZI-Spendensiegel und wird vom DZI als spendenwürdige Organisation empfohlen.

Buchhaltung und Jahresabschluss werden von einem externen Steuerberater erstellt. Jährlich prüft zusätzlich ein unabhängiger Wirtschaftsprüfer den vom Steuerberater erstellten Jahresabschluss. Der Jahresabschluss wird nach der Prüfung durch den Wirtschaftsprüfer dem Kuratorium vorgelegt. Die Prüfberichte sind Teil des Jahresberichts von Amref Deutschland. Zudem werden sie auf der Website veröffentlicht, den Geldgebern zur Verfügung gestellt und auf Anfrage zugeschickt.

In der Satzung von Amref Deutschland e.V. sind unter anderem der Zweck des Vereins festgelegt sowie die Entscheidungsgremien und deren Zuständigkeiten.